Phường Mạo Khê được chia thành 24 khu: Vĩnh Sơn, Quang Trung, Vĩnh Lập, Hòa Bình, Vĩnh Tân, Công Nông, Dân Chủ, Đoàn Kết, Vĩnh Lâm, Vĩnh Phú, Vĩnh Hồng, Vĩnh Quang 1, Vĩnh Quang 2, Vĩnh Hòa, Phố 1, Phố 2, Vĩnh Sinh, Hoàng Hoa Thám, Vĩnh Thông, Vĩnh Tuy 1, Vĩnh Tuy 2, Vĩnh Thông, Vĩnh Xuân, Vĩnh Hải.